на данный момент реализовано у меня следующим образом.
PC только отправляет и принимает байты прошивки + немножко накладных расходов на реализацию протокола. Скорость общения по USB каналу (через FT232RL) 921600 бит в сек. Быстрее уже не может MEGA88. 921600 / 9 (8 бит это на байт + 1 стоп бит =9 ) получаем 102400 байт в секунду и это если канал будет занят на 100% и без пауз. Рассмотрим в идеале - при такой скорости мы можем гонять около 100КБ в секунду. (102400/1024). Тоесть в "тепличных" условиях мульт с флешем в 128КБ мы за 1-2 секунды можем прочитать.
НО! Нужно организовать протокол для доступа к самой микросхеме мульта, чтобы положить/считать с нее 1 байт, плюс накладные расходы на протокол общения меги и PC, плюс мега работает на 14 мегагерцах и т.д. и т.п . В итоге мы получаем, к примеру, секунд 20.
Если кратко - вся рутина реализована на стороне MEGA88, PC только отправляет и принимает байты. Минимальный трафик передачи данных по USB. Отношение 90% времени передача дампа и 10% накладные расходы на протокол. Прошивка растет с добавлением новых задач.

Сейчас я хочу, чтобы мега занималась только положить/считать из порта. Мега будет гнать сырые данные, не анализируя. Анализировать и думать будет PC, как более быстрый и т.д.
Однако, в этом методе очень много лишних отправок и команд, но есть и свои плюсы. В теории пока получается вполне приемлимая скорость, но приходится на ходу оптимизировать.
Переход на этот метод требует переписывания почти с нуля и оболочки и прошивки в M88.
Если кратко по этому способу - вся рутина реализована на стороне PC, а мега обычный ногодрыг. Огромный лишний трафик по каналу USB. Отношение от 20% до 50% времени - передача дампа и от 80% до 50% накладные расходы из-за лишних данных. Прошивка растет только на стороне PC с добавлением новых задач.